Partie I : La métagénomique
• Introduction à la métagénomique
• Stratégie en métagénomique
– La métagénomique globale
– La métagénomique ciblée
– L’ARN 16S
• Assignent taxonomique
– La stratégie close-réference
– La stratégie appelée de novo
– La table des OTUs
• Analyse des données
– Diversité Alpha
– Diversité Beta
Partie II : Le microbiote
• Introduction au microbiote
– Structure et fonction
– Diversité du microbiote humain sain
• La dysbiose du microbiote
– Fonctions très abondantes provenant de microbes de faible abondance
– Variation phylogénétique et fonctionnelle entre les entérotypes
– Biomarqueurs fonctionnels liés à l’hôte
– Corrélations avec le phénotype de l'hôte
– Relation Métabolisme
–microbiote
Partie III : Le métagénome du micobiote
• Variation phylogénétique et fonctionnelle globale des métagénomes intestinaux
• Génomique et métagénomique bactériennes : applications cliniques et importance médicale
• Outils de diagnostic
– Développement d’outils de diagnostic moléculaire
– Développement d’outils de sérologie
• Résistance aux antibiotiques
• Epidémiologie et dissémination de bactéries multirésistantes,
- معلم: ILIAS WASSILA